A partir de aquí, los dieciséis equipos clasificados en la segunda fase, primero y segundo de cada grupo, disputarán una serie de eliminatorias a ida y vuelta, hasta decidir los dos equipos clasificados para la final.
Para estas etapas eliminatorias los equipos son ordenados de la siguiente manera: se forman dos grupos, aquellos clasificados como primeros (numerados del 1 al 8 de acuerdo con su perfomance en la fase de grupos, determinada sucesivamente por cantidad de puntos obtenidos, saldo de goles, goles a favor, mayor cantidad de goles marcados como visitante, sorteo), y aquellos clasificados como segundos (numerados del 9 al 16, con el mismo criterio), enfrentándose en octavos de final el 1 con el 16, el 2 con el 15, el 3 con el 14, y así sucesivamente.
Tabla de primeros
| Nº | Equipo | Pts | PJ | PG | PE | PP | GF | GC | DG |
|---|
| 1 |  Cruzeiro | 16 | 6 | 5 | 1 | 0 | 20 | 1 | 19 |
| 2 |  Libertad | 14 | 6 | 4 | 2 | 0 | 13 | 5 | 8 |
| 3 | Internacional | 13 | 6 | 4 | 1 | 1 | 14 | 3 | 11 |
| 4 |  Junior | 13 | 6 | 4 | 1 | 1 | 9 | 7 | 2 |
| 5 | Cerro Porteño | 11 | 6 | 3 | 2 | 1 | 13 | 8 | 5 |
| 6 |  U. Católica | 11 | 6 | 3 | 2 | 1 | 11 | 9 | 2 |
| 7 |  Liga de Quito | 10 | 6 | 3 | 1 | 2 | 12 | 4 | 8 |
| 8 |  América | 10 | 6 | 3 | 1 | 2 | 8 | 7 | 1 |
Tabla de segundos
| Nº | Equipo | Pts | PJ | PG | PE | PP | GF | GC | DG |
|---|
| 9 | Santos | 11 | 6 | 3 | 2 | 1 | 11 | 8 | 3 |
| 10 |  Vélez Sarsfield | 10 | 6 | 3 | 1 | 2 | 12 | 7 | 5 |
| 11 | Grêmio | 10 | 6 | 3 | 1 | 2 | 9 | 6 | 3 |
| 12 | Estudiantes | 10 | 6 | 3 | 1 | 2 | 9 | 11 | -2 |
| 13 | Jaguares | 9 | 6 | 3 | 0 | 3 | 6 | 8 | -2 |
| 14 |  Peñarol | 9 | 6 | 3 | 0 | 3 | 6 | 11 | -5 |
| 15 | Fluminense | 8 | 6 | 2 | 2 | 2 | 9 | 9 | 0 |
| 16 | Once Caldas | 7 | 6 | 1 | 4 | 1 | 7 | 8 | -1 |
OCTAVOS DE FINAL
Llave A
• Once Caldas (Colombia)
• Cruzeiro (Brasil) |
|
Llave B
• Fluminense (Brasil)
• Libertad (Paraguay) |
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Llave C
• Peñarol (Uruguay)
• Internacional (Brasil) |
|
Llave D
• Jaguares de Chiapas (México)
• Junior (Colombia) |
|
|
Llave E
• Estudiantes de La Plata (Argentina)
• Cerro Porteño (Paraguay) |
|
Llave F
• Gremio (Brasil)
• Universidad Católica (Chile) |
|
Llave G
• Vélez Sarsfield (Argentina)
• Liga de Quito (Ecuador) |
|
Llave H
• Santos FC (Brasil)
• América (México) |
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